吉利几何E的缺点主要表现在以下几个方面：

1. 车漆和内饰质量不佳。有车主反映几何E的车漆有严重问题，一个月内就开始有气孔一样的凸起，车漆质量有待提升。另外，内饰也存在一些问题，如皮质材料的使用较差，容易掉皮和开裂。

2. 底盘较低。这对于SUV车型来说是个短板，尤其是小区路面不平时，进出车库需要小心谨慎。这对于经常行驶在复杂路况的用户来说不太友好。虽然厂商可能通过技术优化来提升底盘的抗冲击能力，但总体来讲仍旧需要小心行驶。

3. 车身附件及电器的问题较多。有车主反映存在空调不制冷或无法开启的状况，严重影响驾乘体验。还有一些部件出现故障的频率比较高，这些问题虽然不是大故障，但对于使用体验有一定影响。

以上缺点仅供参考，建议咨询售前工作人员获取更多细节信息，根据个人需求做出权衡比较。另外，汽车技术日新月异，上述问题可能会随着新车型的推出得到解决和改进。